Լճում էնդեմիկ տեսակներց է իշխան ձուկն իր չորս տեսակներով`   գեղարքունի, ամառային բախտակ, ձմեռային բախտակ, բոջակ: Լճի մակարդակի արհեստական իջեցման հետևանքով իշխանի համար կենսաբանական պայմանները խիստ վատացել են: Այն այժմ ոչնչացման եզրին է և գրանցված է Կարմիր գրքում: 1924 թվականից Լադոգա և Չուդ լճերից Սևան է բերվել սիգը, որը շատ արագ բազմացավ և ունի արդյունագործական նշանակություն: Սևանի ձկնատեսակներից է նաև կողակը: Ջրի մակարդակի իջնելը, որը 1950 թվականից էներգետիկ կարիքների և ոռոգման նպատակով լճից մեծ քանակությամբ ջրի բաց թողնման հետևանք էր: Այն հանգեցրեց շատ ձկնատեսակների ոչնչացման, ափամերձ հատվածների ճահճացման և բնապահպանական աղետի իրական վտանգի առաջացման: 80-ականներին լճից ջրի բացթողումը էապես կրճատվեց, և կառուցվեց 48 կիլոմետր երկարությամբ Արփա-Սևան թունելը`   Արփա գետի ջրերը լիճ տեղափոխելու համար: Այդուհանդերձ, լճի ներկայիս մակարդակը 11 մետրով ցածր է նախնականից, որը 2000 մետրով բարձր է եղել ծովի մակերևույթից: Լճի իջնելուն համընթաց բարձրանում է նաև ջրի ջերմաստիճանը և այդ պատճառով տուժում են ձկներն ու բուսատեսակները, որոնք սովոր էին սառը ջրին: